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聊聊POCT的牛人:Carl Wittwer

添加時(shí)間:2023年6月9日

聊聊POCT的牛人:Carl Wittwer

Carl Wittwer:產(chǎn)業(yè)領(lǐng)袖+科研大牛

聊聊POCT的牛人:Carl Wittwer

卡爾·維特沃

 

“有嚴(yán)格方法論的人很少研究DNA。一個(gè)令人耳目一新的例外是卡爾·維特沃……卡爾對(duì)PCR的思考方式是其他人很少有的,他的想法清晰而實(shí)用?!薄訮CR技術(shù)的發(fā)明人、1993年諾獎(jiǎng)得主Kary B. Mullis書(shū)籍《Polymerase Chain Reaction》序言

卡爾·維特沃(Carl Wittwer)是Biofire的聯(lián)合創(chuàng)始人,也是學(xué)術(shù)界大牛。

他是猶他大學(xué)醫(yī)學(xué)院病理學(xué)教授(2020年退休),還是檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)頭牌雜志《Clinical Chemistry》的副主編。

迄今發(fā)表過(guò)200多篇文獻(xiàn),學(xué)術(shù)成果斐然:

  • 開(kāi)發(fā)了最早的快速PCR儀;

  • 是熒光定量PCR的技術(shù)先驅(qū);

  • 將SYBR Green I和熔解曲線引入PCR;

  • 發(fā)明了高分辨率熔解曲線分析;

2015年他還搞出了Extreme PCR(極限PCR?)技術(shù),可以用14.7秒高效完成35個(gè)擴(kuò)增循環(huán)。

最牛的是,他的多數(shù)學(xué)術(shù)成果,都轉(zhuǎn)化成了產(chǎn)品。

更牛的是,他在PCR這條路上走了30多年。

成長(zhǎng)經(jīng)歷

卡爾·維特沃出生于1955年,他回憶說(shuō)小時(shí)候父母對(duì)他的管教極其寬松,青少年時(shí)期他喜歡在自家地下室里拆裝電器或者用郵購(gòu)的化學(xué)品制作煙火。

可能由于父親是化學(xué)家,他很早就對(duì)化學(xué)產(chǎn)生了興趣。1977年他從猶他州立大學(xué)化學(xué)與生物化學(xué)專業(yè)畢業(yè)后,先在密西根大學(xué)醫(yī)學(xué)院工作并于1982年獲得醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。

博士期間他的課題是泛酰巰基乙胺酶的提純與表征,因?yàn)橛憛捗看巫鐾陮?shí)驗(yàn)都要花兩天時(shí)間去表征實(shí)驗(yàn)產(chǎn)物,嚴(yán)重耽誤后續(xù)的實(shí)驗(yàn)優(yōu)化。

開(kāi)始研究如何加快測(cè)試速度,花了一年多時(shí)間把分析測(cè)試的時(shí)間從2天縮短到了15-30分鐘。這是他追求測(cè)試速度的起源,這個(gè)過(guò)程中,他接觸到了流式細(xì)胞術(shù)。

卡爾·維特沃特別喜歡泡在實(shí)驗(yàn)室實(shí)現(xiàn)他的想法,他曾經(jīng)特別喜歡滑翔傘運(yùn)動(dòng),結(jié)果后來(lái)遠(yuǎn)離了這項(xiàng)運(yùn)動(dòng),因?yàn)椤皫缀跛?span style="font-family: Optima-Regular, PingFangTC-light; font-size: 15px; letter-spacing: 1px;">有醒著的時(shí)間都是在實(shí)驗(yàn)室里度過(guò)的”。

2001年46歲時(shí),娶了跟他拍拖8年的日本裔生物學(xué)家Noriko Kusukawa,Kusukawa曾任猶他大學(xué)ARUP 實(shí)驗(yàn)室創(chuàng)新和戰(zhàn)略投資副總裁。

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Carl Wittwer和妻子Noriko Kusukawa

2020年他65歲時(shí),卡爾·維特沃和妻子都從猶他大學(xué)退休,搬到了他們認(rèn)識(shí)時(shí)候所在的緬因州,還在家里建了一個(gè)配置齊全的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室。接采訪時(shí)他說(shuō)退休后“我將做我喜歡做的事,以及我可能擅長(zhǎng)做的事”。

快速PCR儀

1982年博士畢業(yè)后卡爾·維特沃到猶他大學(xué)流式細(xì)胞術(shù)實(shí)驗(yàn)室工作,1988年他已經(jīng)是猶他大學(xué)病理學(xué)系助理教授,因?yàn)橐獮樗诘腁RUP參考實(shí)驗(yàn)室尋找新技術(shù),他開(kāi)始接觸到PCR。

在PCR的歷史上,1988年發(fā)生過(guò)一次變革:耐熱Taq酶在這一年被發(fā)現(xiàn),使PCR實(shí)驗(yàn)變得簡(jiǎn)單起來(lái)。
不過(guò)即使這樣,當(dāng)時(shí)做PCR實(shí)驗(yàn)也還是比較辛苦,需要手動(dòng)將PCR管在3個(gè)不同溫度的水浴鍋之間來(lái)回轉(zhuǎn)移,30個(gè)循環(huán)的擴(kuò)增時(shí)間大概需要2-6小時(shí)。
由于卡爾·維特沃所在的病理系有第三方參考實(shí)驗(yàn)室業(yè)務(wù),他知道縮短檢測(cè)時(shí)間的重要性。于是他開(kāi)始研究怎么加快PCR的速度,但買(mǎi)不到現(xiàn)成的快速PCR儀,就開(kāi)始自己開(kāi)發(fā)儀器。
他的方案是減小擴(kuò)增管體積以加快熱傳導(dǎo)速度。擁有多年的流式細(xì)胞術(shù)經(jīng)驗(yàn)的他選中了跟流式細(xì)胞儀的鞘流管差不多大小的玻璃毛細(xì)管,采用高速流動(dòng)的空氣作為熱傳導(dǎo)介質(zhì)。
1989年他開(kāi)發(fā)出了空氣熱循環(huán)毛細(xì)管PCR儀,可在15分鐘內(nèi)完成30個(gè)PCR循環(huán)。
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卡爾·維特沃展示機(jī)器原型,左邊為聯(lián)合創(chuàng)始人Randy Rasmussen

用黑膠唱片機(jī)、吹風(fēng)機(jī)和真空吸塵器制作了儀器原型并多次迭代后(有一次演講上,他說(shuō)公司成立前迭代了5-10次,成立后又迭代了3次)。

1990年,為了將原型商業(yè)化,他跟朋友Kirk Ririe 和 發(fā)小Randy Rasmussen一起創(chuàng)立了Idaho Technology, Inc.,也就是后來(lái)的Biofire。這兩個(gè)名字,都能夠從八年前卡爾·維特沃的博士論文致謝部分找到。

當(dāng)時(shí)他從猶他大學(xué)獲得使用自己研究的許可(有的資料提到,Idaho是猶他大學(xué)的校企,也許就是技術(shù)入股?),因?yàn)檫@個(gè)Idaho還從美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院拿到了一筆STTR小額技術(shù)轉(zhuǎn)讓研究撥款。

Kirk Ririe最初學(xué)的是通信,是他猶他州州立大學(xué)的校友。創(chuàng)業(yè)前在家里的生產(chǎn)土豆收割機(jī)滾筒的工廠幫忙,Idaho最初的辦公地點(diǎn)就在這家公司。后來(lái)2005年還獲得了猶他大學(xué)的化學(xué)學(xué)士學(xué)位,導(dǎo)師就是卡爾·維特沃。

Randy Rasmussen是分子和細(xì)胞生物學(xué)博士。

他們?nèi)撕髞?lái)都擔(dān)任過(guò)Biofire公司或者子公司的CEO或者董事長(zhǎng),合作多年。

后來(lái)Biofire的大賣(mài)特賣(mài)的分子POCT平臺(tái)FilmArray采用的柔性塑料袋,是Kirk Ririe設(shè)計(jì)的,據(jù)說(shuō)是他在麥當(dāng)勞陪娃時(shí)候,從擠番茄醬獲得的靈感。

創(chuàng)業(yè)當(dāng)年他們推出了Air Thermocycler,這是第一臺(tái)快速PCR儀,可容納 48 個(gè)樣品管和 4 個(gè)循環(huán)程序,在20分鐘內(nèi)完成 30 個(gè)循環(huán)。

憑借這款獨(dú)家產(chǎn)品,Idaho從創(chuàng)業(yè)當(dāng)年就開(kāi)始盈利。羅氏通過(guò)會(huì)議知道了他們,找上門(mén)來(lái)拿下了他們機(jī)器的全球分銷(xiāo)權(quán)。

跟賽沛一樣,Biofire也做生物防御檢測(cè)。2014年被梅里埃收購(gòu)后,分拆成BioFire Diagnostics和BioFire Defense兩個(gè)子公司,BioFire Diagnostics做診斷,BioFire Defense做生物防御檢測(cè)。

兩家公司貌似是同一批高管,辦公地點(diǎn)相隔不過(guò)10公里,另外從新冠期間產(chǎn)品的情況看,兩家子公司的分工似乎是一家負(fù)責(zé)研發(fā)一家負(fù)責(zé)生產(chǎn)。

熔解曲線、高分辨率熔解曲線分析

最初的PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)束后需要開(kāi)管跑凝膠電泳,那一代研發(fā)人員一直在孜孜不倦的尋求不需要開(kāi)蓋的方法。1993年,Cetus公司的Russ Higuchi和同事偶然發(fā)明了熒光定量PCR。當(dāng)時(shí)采用的染料是EB(溴化乙錠),一個(gè)循環(huán)獲取一次熒光信號(hào)。

卡爾·維特沃最先將流式細(xì)胞術(shù)里的SYBR Green I引入到PCR中,替代EB。

為配套SYBR Green I檢測(cè),他把流式細(xì)胞儀光學(xué)元件引入到PCR中,以實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè) PCR過(guò)程。

1996年,Idaho推出熒光定量PCR儀LightCycler,第一版剛推出,羅氏就收購(gòu)了這款產(chǎn)品的多種權(quán)限。

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Biofire公司1996年推出的LightCycler

在調(diào)整流式細(xì)胞儀的光學(xué)系統(tǒng)時(shí)候,通過(guò)連續(xù)獲取熒光和溫度信息,他們偶然觀察到DNA熔解現(xiàn)象。直接就將原本需要數(shù)小時(shí),采用紫外線吸光度測(cè)量的溶解曲線分析縮短到幾分鐘。

再后來(lái),又一次偶然發(fā)現(xiàn),使用一個(gè)探針就可以進(jìn)行基因分型,他們更進(jìn)一步簡(jiǎn)化了熔解曲線分析方法。

卡爾·維特沃覺(jué)得熔解曲線質(zhì)量并不高,很難檢測(cè)到微小差異。2000年,他啟動(dòng)高分辨率熔解曲線分析儀的開(kāi)發(fā),他想知道,如果把溶解曲線做的更精細(xì)能獲得哪些額外信息。

期間他們合成了30多種染料,通過(guò)新的儀器、新的軟件和新的染料,最終成功開(kāi)發(fā)出高分辨率熔解曲線分析方法。新開(kāi)發(fā)的方法具有極高的靈敏度,甚至可以直接用染料而非標(biāo)記探針準(zhǔn)確地區(qū)分單堿基突變。

Extreme PCR-打破共識(shí)

“他只相信他自己在實(shí)驗(yàn)室做出來(lái)的東西。”“而且別人認(rèn)為理所應(yīng)當(dāng)?shù)氖虑樗麖牟幌氘?dāng)然,他總是在研究基本假設(shè)”。——Biofire聯(lián)合創(chuàng)始人 Randy Rasmussen

2010年左右,經(jīng)過(guò)了20多年發(fā)展,而且PCR的很多核心專利已經(jīng)過(guò)期,PCR儀的溫度循環(huán)已經(jīng)很快,但是采用快速循環(huán)的PCR效率很低,靈敏度明顯下降。

在完成了諸多發(fā)明之后,卡爾·維特沃又回到他接觸PCR時(shí)候的第一個(gè)興趣:提高PCR的速度。

關(guān)于化學(xué)反應(yīng)的速度,初中化學(xué)課本就介紹過(guò):反應(yīng)物濃度越高,速率越快。在PCR上,就是提高引物和酶的濃度。當(dāng)時(shí)大家已經(jīng)有了一個(gè)共識(shí):引物和酶濃度,會(huì)導(dǎo)致或?qū)?dǎo)致非特異性擴(kuò)增,反而降低PCR速率。

沒(méi)有止步于這個(gè)共識(shí),卡爾·維特沃開(kāi)始思考:有沒(méi)有可能在提高引物和酶濃度的情況下保證特異性。他先系統(tǒng)研究了各種試劑和參數(shù)對(duì)PCR的影響,然后開(kāi)始同時(shí)調(diào)整濃度和反應(yīng)時(shí)間。

在將引物濃度、酶濃度和鎂離子濃度提高一個(gè)數(shù)量級(jí),將二級(jí)反應(yīng)變成了速度很快的偽一級(jí)反應(yīng)后。開(kāi)始慢慢縮短每個(gè)循環(huán)的時(shí)間,由于沒(méi)有合適的擴(kuò)增設(shè)備,他們又回到了水浴鍋,將體積更小、壁更薄的毛細(xì)管在不同溫度的水浴鍋中快速切換。

在將每個(gè)循環(huán)的時(shí)間縮短到0.4-0.6s時(shí),出現(xiàn)了魔幻般的結(jié)果:特異性比常規(guī)PCR更好。也許因?yàn)闇囟惹袚Q太快,也許非特異性結(jié)合的反應(yīng)速度不如特異性結(jié)合?反正,沒(méi)有時(shí)間去產(chǎn)生非特異性產(chǎn)物。

卡爾·維特沃實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)站發(fā)布的Extreme PCR原型視頻

2014年,他們開(kāi)發(fā)出Extreme PCR,采用薄壁毛細(xì)擴(kuò)增管(1mm外徑,0.8mm內(nèi)徑)或者19號(hào)皮下注射針(1mm內(nèi)徑,2mm外徑)。采用常規(guī)的非熱啟動(dòng)酶,0.4-2s一個(gè)循環(huán),可在14.7秒將60bp的靶標(biāo)特異性擴(kuò)增35個(gè)循環(huán)。

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Extreme?PCR原型視頻拍攝的是此圖右上角部分

為了實(shí)現(xiàn)這種極限變溫速度,擴(kuò)增設(shè)備也要重新開(kāi)發(fā)。

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卡爾·維特沃講座PPT里的微流控薄片

Extreme PCR專利是2021 年獲得的,基于此技術(shù)的工程化(可能是薄片微流控形式),Biofire在2022年初推出了其小型化系統(tǒng)的BioFire SpotFire,可以在15分鐘內(nèi)完成檢測(cè),采用Extreme PCR擴(kuò)增,用高分辨率溶解曲線分析讀取結(jié)果。

補(bǔ)充

卡爾·維特沃實(shí)驗(yàn)室官網(wǎng)、Biofire官網(wǎng)、AACC官網(wǎng)上有一些卡爾·維特沃的采訪錄音和講座文檔,我整理了一些片段:

他并不想做公司,但是想用PCR儀,所以只能商業(yè)化。

新想法的核心過(guò)程只能來(lái)自個(gè)人,因?yàn)橹挥凶约翰艜?huì)癡迷自己的想法,才會(huì)念念不忘去實(shí)現(xiàn),團(tuán)隊(duì)則可以幫著拓展想法。

因?yàn)閯?chuàng)新只能來(lái)自于個(gè)人和個(gè)人實(shí)驗(yàn)室,所以不是要想辦法控制他們,要發(fā)展創(chuàng)新生態(tài)系統(tǒng),要給他們授權(quán)。

思維的火花可能會(huì)閃電般的出現(xiàn),要有足夠的決心去逐步嘗試你的想法。這是一個(gè)漸進(jìn)的過(guò)程,可能會(huì)一遍遍的失敗,但這個(gè)過(guò)程中,你會(huì)變得越來(lái)越好,也只有這個(gè)過(guò)程能真正產(chǎn)生發(fā)明。

原型設(shè)計(jì)過(guò)程實(shí)際上是在實(shí)踐中學(xué)習(xí)的過(guò)程,最后在實(shí)踐中發(fā)明。

工程師會(huì)按照被教導(dǎo)出來(lái)的方式建造東西,但外行可能會(huì)想出更新穎更便宜的實(shí)現(xiàn)方式。

當(dāng)公司越來(lái)越大,在系統(tǒng)、控制和質(zhì)量控制方面可能會(huì)做的很好,但會(huì)失去破壞性創(chuàng)新的能力。

在合作的過(guò)程中,要讓參與的人都能從中得到收獲,才能真正成功。

梅里埃整合Biofire時(shí),并沒(méi)有把公司搬走,也沒(méi)有裁員,還保留了高管。因?yàn)樗麄儾粌H對(duì)產(chǎn)品感興趣,還對(duì)Biofire產(chǎn)生創(chuàng)新的生態(tài)系統(tǒng)感興趣。最終成功的把Biofire這個(gè)小公司整合到了大公司。

后記

然后我個(gè)人印象最深刻的有兩個(gè)方面:

卡爾·維特沃把做實(shí)驗(yàn)當(dāng)成了愛(ài)好,退休后都還要親自動(dòng)手做實(shí)驗(yàn)。(難道因?yàn)閷?duì)實(shí)驗(yàn)熟悉,能夠從中發(fā)現(xiàn)別人發(fā)現(xiàn)不了的現(xiàn)象?

幾個(gè)合作伙伴都是技術(shù)出身,一直沒(méi)有鬧掰,而且其中至少兩位持續(xù)在做產(chǎn)品開(kāi)發(fā)。很好奇卡爾·維特沃所說(shuō)的創(chuàng)新生態(tài)是什么樣的。

參考資料:

卡爾·維特沃實(shí)驗(yàn)室官網(wǎng)(https://dna-utah.org/index.html)、Biofire官網(wǎng)、AACC官網(wǎng)、生物梅里埃官網(wǎng)、猶他大學(xué)官網(wǎng)、猶他大學(xué)ARUP實(shí)驗(yàn)室官網(wǎng)、猶他州州立大學(xué)官網(wǎng)、谷歌學(xué)術(shù)、維基百科

編輯:Jason | 校對(duì):Harris | 責(zé)編:Hillson

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公司簡(jiǎn)介

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